Penataan tatalaksana bertujuan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas sistem, proses, dan prosedur kerja yang jelas, efektif, efisien, dan terukur pada Zona Integritas Menuju WBK/WBBM. Target yang ingin dicapai pada masing-masing program ini 
adalah: 
1.     Meningkatnya penggunaan teknologi informasi dalam proses penyelenggaraan manajemen pemerintahan di Zona Integritas menuju WBK/WBBM; Terjadinya perubahan pola pikir dan budaya kerja pada unit kerja yang diusulkan sebagai Zona Integritas menuju WBK/WBBM; dan 
2.     Meningkatnya efisiensi dan efektivitas proses manajemen pemerintahan di Zona Integritas menuju WBK/WBBM; dan 
3.     Meningkatnya kinerja di Zona Integritas menuju WBK/WBBM. 
 
Atas dasar tersebut, maka terdapat beberapa indikator yang perlu dilakukan untuk menerapkan penataan tatalaksana, yaitu: 
1.     Prosedur Operasional tetap (SOP) Kegiatan Utama 
Pengukuran indikator ini dilakukan dengan mengacu pada kondisi yang seharusnya telah dilakukan, seperti: 
-        Prosedur operasional tetap mengacu kepada peta proses bisnis instansi; 
-        Prosedur operasional tetap telah diterapkan; dan 
-        Prosedur operasional tetap telah dievaluasi. 
2.     E-Office 
2.Pengukuran indikator ini dilakukan dengan mengacu pada kondisi yang seharusnya telah dilakukan, seperti: 
-        Sistem pengukuran kinerja berbasis sistem informasi; 
-        Sistem kepegawaian berbasis sistem informasi; dan 
-        Sistem pelayanan publik berbasis sistem informasi. 
3.     Keterbukaan Informasi Publik Pengukuran indikator ini dilakukan dengan mengacu pada kondisi yang seharusnya telah dilakukan, seperti: 
-        Kebijakan tentang keterbukaan informasi publik telah diterapkan; dan 
-        Monitoring dan evaluasi pelaksanaan kebijakan keterbukan informasi publik.